Вебинар BioExcel №41: Обзор параметров симуляции (файлы .mdp) для GROMACS

Настройка биомолекулярных симуляций с помощью GROMACS требует выбора ряда параметров. Некоторые из них, например, количество шагов симуляции, очевидны, другие же имеют менее очевидное значение, но влияют на результаты или производительность симуляции. В этом вебинаре мы рассмотрим параметры симуляции, задаваемые в файле .mdp, пошагово, увидим, как они связаны между собой и как влияют на научную корректность и производительность симуляций.