NCBI BLAST Uygulamaları Bölüm 1: Hangi BLAST Aracını Ne Zaman Kullanmalıyım?

🧬 NCBI BLAST nasıl kullanılır? BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN ve TBLASTX arasındaki fark nedir? Elinizdeki DNA, RNA veya protein dizisine göre hangi BLAST aracını seçmelisiniz? Bilimin Kodları Uygulamalı Video Serisi’nin bu bölümünde NCBI BLAST araçlarını doğrudan uygulamalar üzerinden anlatıyorum. 🔬 Bu videoda HBB (hemoglobin beta) proteinini örnek olarak kullanarak BLAST’ın temel mantığından başlayıp gerçek bir BLAST sonucunun nasıl okunacağını adım adım gösteriyorum. Videoda ele aldığım başlıca konular: • Query, Subject ve Database ne demek? • FASTA dizisi ve accession numarası nasıl kullanılır? • BLAST sonucu nasıl yorumlanır? • Query Cover, E-value, Score ve Identity ne anlama gelir? • E-value neden bu kadar küçük değerler alabilir? • BLASTN: Nükleotit → Nükleotit • BLASTP: Protein → Protein • BLASTX: Nükleotit → Protein • TBLASTN: Protein → çevrilmiş nükleotit • TBLASTX: Çevrilmiş nükleotit → çevrilmiş nükleotit Ayrıca NCBI’nin daha özelleşmiş araçlarını da uygulamalı örneklerle inceliyorum: 🧠 SmartBLAST 🧬 Primer-BLAST 🌍 BLAST Genomes 🧩 Conserved Domain Search (CD-Search) ve CDART 🧫 IgBLAST 🔎 VecScreen 📊 Global Alignment 🧬 COBALT / Multiple Sequence Alignment IgBLAST bölümünde trastuzumab (Herceptin) antikorunun ağır zincir değişken bölgesini V, D ve J segmentleri açısından; VecScreen bölümünde ise pUC19 gibi bir klonlama vektöründen kaynaklanabilecek dizileri örnek olarak ele alıyorum. Videonun sonunda BLAST Genomes ile genom merkezli aramaların nasıl yapıldığını ve BLAST+ Standalone ile API kullanımının neden özellikle büyük ölçekli, otomatik ve tekrarlanabilir biyoinformatik analizler açısından önemli olduğunu konuşuyorum. 📌 Bu video serisinin devamında yerel hizalama, global hizalama ve multiple sequence alignment algoritmalarının matematiksel mantığını da ayrı uygulamalı bölümlerde detaylı olarak ele alacağım. Biyoinformatik, genomik ve hesaplamalı biyoloji üzerine uygulamalı içeriklerin devamı için kanala abone olmayı, videoyu beğenmeyi ve sorularınızı yorumlara yazmayı unutmayın. #NCBI #BLAST #Biyoinformatik #Genomik #Bioinformatics #DNA #Protein #SequenceAlignment #BiliminKodları