Napari и Cellpose: разработка рабочих процессов для тонкой настройки моделей сегментации биологич...

Napari и Cellpose: разработка рабочих процессов для тонкой настройки моделей сегментации биологических экземпляров | Ян Коччимильо | 28 октября, виртуальная конференция I2K 2024 Авторы: Ян Коччимильо, Школа биомедицинской инженерии, Университет Британской Колумбии Брайан Нортан, True North Intelligent Algorithms Описание: На этом семинаре я использую Cellpose с Napari в качестве тестового примера, чтобы показать, как правильно тонко настраивать и оценивать модели сегментации экземпляров, с акцентом на изображениях скелетных мышц. Я использую это для создания структуры для надежного способа тонкой настройки моделей машинного обучения в целом. Я демонстрирую распространенные ошибки машинного обучения, такие как «катастрофическое забывание», эффект нормализации изображений, чувствительность выходных данных к параметрам модели, и показываю, как сегментация биологических экземпляров может приводить к хаотичным результатам. Инструкции перед началом семинара: В идеале, необходимо установить napari и cellpose в среде conda. Использование графического процессора (GPU) полезно, но не обязательно. Ключевые слова: napari, cellpose, python, скелетные мышцы