Введение в Cytomine: совместная веб-аннотация — вебинар [NEUBIAS Academy@Home]

Это первая глава из серии из двух вебинаров, посвященных среде Cytomine для совместной аннотации в интернете, анализа изображений и сравнительного анализа. (https://cytomine.org) В этом первом вебинаре мы представим обзор основных функций и концепций Cytomine (https://cytomine.org) для совместного анализа изображений в интернете: – Организация наборов данных изображений в проекты с правами доступа и ролями пользователей, загрузка изображений. – Удаленная визуализация очень больших изображений (цифровая патология, многомерные, гиперспектральные), синхронизированный просмотрщик, множественные представления и т. д. – Создание и обмен метаданными и аннотациями: ручная аннотация областей интереса (включая точечные, полигональные и произвольные инструменты), пользовательские слои, термины онтологии, свойства, описание, теги, прикрепленный файл, ссылки на аннотации. – Конфигурация и настройки экземпляра Cytomine и проектов (пользовательский интерфейс и т. д.). – Применение алгоритмов с использованием веб-интерфейса для полуавтоматической аннотации (обзор, который будет рассмотрен на занятии 2) ========= РЕЗУЛЬТАТЫ ОБУЧЕНИЯ После этого занятия вы сможете: – Использовать Cytomine для удаленной визуализации и обмена большими изображениями (цифровая патология и другие области) – Создавать очень подробные ручные аннотации ваших изображений (например, для создания эталонных данных для машинного обучения, атласов патологии и т. д.) – Применять алгоритмы машинного обучения непосредственно в веб-интерфейсе (более подробно будет рассмотрено на занятии 2) ========= ДОКЛАДЧИКИ Грегуар Винке (магистр ветеринарных наук и высшей педагогики) — соучредитель и генеральный директор Cytomine Cooperative, а также соучредитель и главный директор по развитию бизнеса в Cytomine Corporation. С 2014 года он обучает врачей, преподавателей, студентов и исследователей использованию совместной платформы Cytomine для анализа биомедицинских изображений. Рафаэль Маре (доктор философии в области машинного обучения, 2005 г.) инициировал разработку совместного веб-программного обеспечения Cytomine в 2010 году и в настоящее время возглавляет отдел исследований и разработок Cytomine в Льежском университете (https://uliege.cytomine.org). Модераторы: Рено Хойоу (Cytomine), Улисс Рубенс и Ромен Мормон (Льежский университет), Рокко д'Антуоно (Институт Франциска Крика), Жюльен Коломбелли (IRB Барселона). ======== Вопросы и ответы Они скоро будут доступны на https://forum.image.sc/ ======== Материалы Слайды, представленные на этом вебинаре, доступны здесь: https://people.montefiore.uliege.be/m...