Расшифровка языка РНК у растений — проф. Илян Дин

Докладчик: Профессор Илян Дин (Центр Джона Иннеса) Веб-сайт: https://jic.ac.uk/people/yilliang-ding/ Сайт Google: https://sites.google.com/modelingtalk... Аннотация: РНК — это гораздо больше, чем пассивный посредник между ДНК и белком. Ее способность сворачиваться в разнообразные и динамичные структуры создает дополнительный слой информации, который регулирует экспрессию генов и позволяет растениям реагировать на окружающую среду. Понимание этого «языка РНК» требует подходов, которые позволяют уловить структурное разнообразие и выявить функциональные сигналы, скрытые в обширных массивах данных. В этом докладе я расскажу о нашем пути от исследования структур РНК в живых растениях до использования искусственного интеллекта для расшифровки их регуляторной информации. Профилирование структуры РНК на уровне отдельных молекул выявляет альтернативные конформации РНК и их динамические реакции на сигналы окружающей среды, примером чего является реагирующая на холод длинная некодирующая РНК COOLAIR. Затем я представлю PlantRNA-FM, базовую модель, предварительно обученную на 1124 разнообразных транскриптомах растений, которая изучает общие представления о РНК растений и выявляет последовательности и структурные особенности, связанные с биологическими функциями, включая эффективность трансляции. Переходя от прогнозирования к открытию и проектированию, мы используем ИИ для идентификации структурных мотивов РНК, связанных с трансляцией, прогнозирования их позиционных эффектов и количественной настройки экспрессии генов. Наконец, я представлю PlantScience.ai, виртуального учёного-биолога растений. Вместе эти достижения демонстрируют, как интеграция биологии РНК, крупномасштабных данных и базовых моделей может приблизить нас от чтения языка РНК к пониманию и, в конечном итоге, написанию её регуляторного кода. Биография: Илян — руководитель группы в Центре Джона Иннеса, Норвич. Она получила степень бакалавра наук в области растениеводства в Шанхайском университете Цзяотун и степень доктора философии в области биологии в Университете Восточной Англии и Центре Джона Иннеса. Она прошла постдокторскую подготовку в Университете Данди и в Университете штата Пенсильвания. Ее исследования находятся на стыке биологии РНК, вычислительной техники и науки о растениях, она разрабатывает и применяет методы машинного обучения для расшифровки структуры и функций РНК в растениях. #моделирование #исследования #мл #ИИ #данные #РНКбиология #наукаорастениях #структураРНК #транскриптомика #экспрессиягенов