LMs для омики отдельных клеток и разработки лекарств: данные, предварительная подготовка и замкну...

В этом докладе Хаотянь Цуй представляет уроки, полученные при использовании scGPT, фундаментальной модели для биологии отдельных клеток, обученной на десятках миллионов клеток, на серии семинаров «Фундаментальные модели для биологии», организованных GenBio AI. Он излагает дорожную карту моделирования возмущений, обусловленных состоянием, и предобучения с учётом динамики, представляя scGPT Spatial и самоуправляемую лабораторию, управляемую фундаментальной моделью (LUMI Lab). Основная идея заключается в том, чтобы сначала зафиксировать состояние клетки, а затем смоделировать эффект возмущения с учётом этого состояния. Такое разделение в сочетании с экспериментами в замкнутом цикле улучшает интерпретируемость и надёжность на различных наборах данных, а также способствует открытию новых биологических идей, включая новый мотив бромированного липида для доставки мРНК. Литература 1. Cui, H., Wang, C., Maan, H., Pang, K., Luo, F., Duan, N. и Wang, B., 2024. scGPT: на пути к созданию базовой модели для мультиомики одноклеточных с использованием генеративного ИИ. Nature Methods, стр. 1–11. 2. Cui, H., Tejada-Lapuerta, A., Brbić, M., Saez-Rodriguez, J., Cristea, S., Goodarzi, H., Lotfollahi, M., Theis, F.J. и Wang, B. 2025. На пути к мультимодальным базовым моделям в молекулярной клеточной биологии. Nature, 640(8059), стр. 623–633. 3. Cui, H., Xu, Y., Pang, K., Li, G., Gong, F., Wang, B., Li, B., 2025. LUMI-lab: автономная платформа на основе базовых моделей, позволяющая разрабатывать новые конструкции ионизируемых липидов для доставки мРНК. bioRxiv, стр. 2025-02. Блог: https://genbio.ai/large-models-single... Подпишитесь на нас: https://x.com/genbio.ai Linkedin: /genbioai