LFQ-Analyst: интерактивная платформа для анализа и визуализации протеомных данных, обработанных с...

Докладчик: д-р Ануп Шах, платформа биоинформатики и лаборатория протеомики и метаболомики Университета Монаша Протеомные данные, полученные с помощью современных масс-спектрометров, часто сложны для интерпретации начинающими специалистами. LFQ Analyst предлагает упрощенный статистический анализ и визуализацию таких сложных количественных протеомных наборов данных без использования меток. Относительная количественная оценка без использования меток (LFQ) данных протеомики методом масс-спектрометрии с использованием интенсивности сигналов прекурсоров (MS1) является одним из наиболее часто используемых методов для всесторонней и глобальной количественной оценки белков в различных биологических образцах и условиях. Благодаря популярности этого метода были разработаны программные пакеты, такие как MaxQuant, для извлечения, анализа и сравнения спектральных характеристик и предоставления количественной информации о пептидах, белках и даже посттрансляционно модифицированных (PTM) сайтах. Однако до сих пор существует недостаток доступных инструментов для интерпретации и последующего статистического анализа этих сложных наборов данных. Поэтому мы разработали LFQ-Analyst; Веб-приложение для оптимизации анализа дифференциальной экспрессии и визуализации количественных протеомных данных без использования меток. Этот инструмент предоставляет множество функций для анализа данных пользователем, включая анализ дифференциальной экспрессии, снижение размерности, кластеризацию и различные проверки качества в табличной и графической формах, что облегчает исследовательский и статистический анализ количественных наборов данных, полученных в результате протеомных исследований. LFQ-Analyst разработан для использования сложных методов анализа, но при этом доступен исследователям без обширного опыта в протеомике. Кроме того, пользователи могут автоматически генерировать подробные отчеты об анализе. Для получения дополнительной информации посетите веб-сайт LFQ-Analyst (https://bioinformatics.erc.monash.edu...) или ознакомьтесь с работой (https://doi.org/10.1021/acs.jproteome....