Как использовать GNPS за 10 минут | Пошаговое руководство по молекулярной сети
Zakat Science
0:00 / 0:00
Как использовать GNPS за 10 минут | Пошаговое руководство по молекулярной сети
1 339 просмотров · 6 месяцев назад
Zakat Science
75 подписчиков
1 339 просмотров · 6 месяцев назад
Узнайте, как выполнить **анализ молекулярных сетей в GNPS всего за 10 минут**! В этом пошаговом руководстве я покажу вам, как загрузить файл MGF из MZmine, запустить рабочий процесс анализа молекулярных сетей в GNPS, понять этапы обработки и загрузить файл GraphML для визуализации в Cytoscape.
Если вы уже подготовили данные в MZmine и экспортировали файл MGF, это видео проведет вас через весь рабочий процесс GNPS — от отправки задания до загрузки результатов анализа молекулярных сетей.
🔬 В этом видео вы узнаете:
• Как создать учетную запись GNPS и войти в нее
• Как загрузить файлы спектров MGF
• Как отправить задание на создание молекулярной сети
• Что делает GNPS во время кластеризации спектров и сопоставления библиотек
• Как интерпретировать страницу результатов GNPS
• Где скачать файлы GraphML для Cytoscape
• Как подготовить данные для визуализации сети
Этот урок идеально подходит для:
✔ Исследователей в области метаболомики
✔ Пользователей LC-MS / MS/MS
✔ Ученых, занимающихся природными соединениями
✔ Аспирантов и студентов
✔ Всех, кто использует MZmine + GNPS для создания молекулярных сетей на основе признаков (FBMN)
К концу этого видео вы успешно создадите свою молекулярную сеть и загрузите файл GraphML, готовый для визуализации в Cytoscape.
В следующем видео мы откроем файл GraphML в Cytoscape и создадим визуализацию молекулярной сети, готовую к публикации. Ключевые слова:
Учебное пособие по GNPS, молекулярные сети GNPS, молекулярные сети на основе признаков, рабочий процесс FBMN, загрузка MGF в GNPS, анализ данных LC-MS, сети MS/MS, загрузка Cytoscape GraphML, молекулярные сети метаболомики
#GNPS #МолекулярныеСети #FBMN #Метаболомика #LCMS #Масс-спектрометрия #Cytoscape #MZmine