Анализ данных фосфопротеомики с помощью Phosphomatics

Фосфопротеомика на основе масс-спектрометрии — один из самых мощных инструментов для исследования детальных молекулярных событий, происходящих в ответ на клеточные стимулы. Эксперименты позволяют регулярно обнаруживать и количественно определять тысячи фосфорилированных пептидов, однако интерпретация этих данных и извлечение биологического смысла остаются сложной задачей. Этот вебинар представит обзор веб-сайта для анализа данных фосфопротеомики Phosphomatics, который включает в себя набор инструментов и ресурсов для статистического и функционального анализа, призванных упростить процесс извлечения значимой информации из экспериментальных результатов. Phosphomatics может импортировать результаты поиска и количественного анализа из основных поисковых систем, включая MaxQuant и Proteome Discoverer, и использует интуитивно понятные «мастера», которые помогают пользователю в процедурах предварительной обработки данных, таких как фильтрация, нормализация и преобразование. Предоставляется графическая платформа с интерактивными функциями одномерного и многомерного анализа, позволяющая создавать подгруппы загруженных данных, содержащие фосфорилированные сайты, представляющие статистический интерес, и проводить дальнейший функциональный анализ. Интегрирован ряд баз данных, которые, например, предоставляют информацию о лигандах и ингибиторах для ключевых белков или выделяют ключевые сайты модификации, участвующие в регуляции функционального состояния. На каждом этапе интегрируется опубликованная литература, а также «конструктор библиографии», позволяющий собирать и экспортировать интересующие ссылки в различных форматах. В совокупности эти расширенные функции призваны обеспечить «единый центр» для анализа данных фосфопротеомики. Докладчик: д-р Майкл Лиминг, научный сотрудник, Центр масс-спектрометрии и протеомики, Мельбурнский университет Этот вебинар был записан 2 июня 2021 года. Список предстоящих вебинаров и семинаров смотрите на нашем сайте: https://www.biocommons.org.au/events Субтитры генерируются автоматически с легкой редакцией научных терминов.