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Ligand Screening with AutoDock Vina and Perl | Docking Multiple Ligand at Same Time

Pharmacology Concepts By Rajesh Choudhary

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Ligand Screening with AutoDock Vina and Perl | Docking Multiple Ligand at Same Time

549 просмотров · 5 мес. назад
Pharmacology Concepts By Rajesh Choudhary
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Ligand Screening with AutoDock Vina and Perl | Docking Multiple Ligand at Same Time Unlock the power of computational drug discovery with this step-by-step guide to ligand screening using AutoDock Vina and Perl scripting. In this tutorial, we demonstrate how to automate docking of multiple ligands simultaneously and generation of Ligand derivatives with Zinc database. Whether you’re a beginner in molecular docking or an advanced researcher optimizing high-throughput screening, this video provides practical insights into integrating AutoDock Vina with Perl scripts for reproducible and scalable results. Perfect for students, educators, and professionals in computational chemistry, bioinformatics, and pharmaceutical research. Perl Script: https://drive.google.com/file/d/1DZg7... Conf_vs file: https://drive.google.com/file/d/1AGWM... Video Link: Network Pharmacology:    • Network Pharmacology and In Silico Pharmac...   Research Writing Tips:    • Research Writing Tips   Important software link: Autodock MGT tool - https://ccsb.scripps.edu/mgltools/dow... Autodock Veena: https://vina.scripps.edu/downloads/ PyMole: https://www.pymol.org/ Discovery Studio: https://discover.3ds.com/discovery-st... Perl : https://padre.perlide.org/download.html Chapters Introduction, 00:00 Basic Requirements, 00:56 Zinc Database, 02:50 Perl tool, 04:53 Docking Commands, 08:00 Docking Results, 11:0 यह वीडियो AutoDock Vina का उपयोग करके Ligands की वर्चुअल स्क्रीनिंग करने के बारे में है। इसमें PDB साइट से प्रोटीन और Ligand डाउनलोड करने, उन्हें तैयार करने और PDB Qt फ़ाइल में सहेजने की प्रक्रिया शामिल है। वीडियो में कमांड लाइन इंटरफ़ेस का उपयोग करके Perl संस्करण की जाँच करना और फ़ाइलों को प्रबंधित करना भी दिखाया गया है, जो कि एक व्यापक "step by step tutorial" है। यह "multiple ligand docking" और "drug discovery" के लिए "autodock vina" के उपयोग को दर्शाता है, "computational chemistry" में इसके महत्व पर जोर देता है।