MQSS 2019 | L15: Вычислительная протеомика PTM | Кирти Шарма

В качестве первого шага к пониманию сложной схемы сигнальных процессов необходимо идентифицировать и количественно оценить посттрансляционные модификации (ПТМ) беспристрастным и глобальным образом. Для этой цели современная количественная масс-спектрометрия зарекомендовала себя как идеальная платформа, поскольку она представляет собой высокоточный, но при этом универсальный метод обнаружения ПТМ. Несмотря на впечатляющий прогресс в протеомике ПТМ с использованием масс-спектрометрии, исчерпывающее картирование белковых модификаций представляет собой сложную задачу по ряду причин: (i) модифицированные пептиды присутствуют в субстехиометрических количествах в сложных смесях; (ii) пептиды, несущие определенные ПТМ, демонстрируют более сложные паттерны фрагментации при МС/МС, которые может быть трудно интерпретировать; (iii) эффективное пространство поиска в базе данных резко возрастает, когда поисковой программе разрешается учитывать потенциальные ПТМ для каждого модифицируемого аминокислотного остатка; и (iv) помимо идентификации модифицированного пептида, ПТМ необходимо разместить в последовательности с точностью до одной аминокислоты. На примере фосфопротеомики в докладе будет представлен обзор всего вычислительного процесса протеомики PTM, связанного с идентификацией модифицированных пептидов, локализацией и занятостью выявленных модификаций, а также получением количественных значений для модифицированных участков и пептидов из необработанных данных.