Вебинар BioExcel № 84: Перспективы моделирования целых клеток с помощью Martini

В этом докладе будет представлен обзор современного состояния дел в использовании последней версии крупномасштабной модели Мартини для моделирования сложных систем, включая возможность моделирования химических реакций и достижения уровня целой клетки. Докладчик Сиверт-Ян Марринк, Университет Гронингена Сиверт-Ян Марринк, получивший образование в области физической химии (докторская степень в 1994 году), специализировался на использовании вычислительного моделирования. Основные цели его исследований: i) раскрытие принципов латеральной организации биологических мембран и ii) разработка эффективных вычислительных моделей для моделирования молекулярных процессов. Группа Марринка известна разработкой модели Мартини, крупномасштабного силового поля для биомолекулярного моделирования, и внесла фундаментальный вклад в понимание процессов, связанных с мембранами, таких как слияние, образование доменов и активность мембранных белков («моделирование – это вера»). Марринку также приписывают ряд методологических достижений для улучшения вычислительного микроскопа, включая разработку новаторских многомасштабных алгоритмов моделирования и высокопроизводительных инструментов. Марринк — один из признанных мировых лидеров и пионеров в области крупномасштабного (КГ) моделирования. Разработанная им модель Martini является самым популярным из доступных КГ силовых полей, используемым десятками тысяч пользователей по всему миру. Марринк опубликовал более 330 рецензируемых статей, получивших 55 000 цитирований (Google Scholar); он получил различные (личные) гранты от NWO и ЕС, включая три гранта NWO TOP (2004, 2008, 2014) и два гранта ERC Advanced (2015, 2022). Он является председателем совета института GBB, директором и основателем Центра многомасштабного моделирования и проектирования материалов имени Берендсена, избранным членом Королевской нидерландской академии искусств и наук, а также удостоен почетной докторской степени Бухарестского политехнического университета (Румыния). Он входит в редакционную коллегию журнала Biophysical Journal, а также в консультативный совет ряда журналов, посвященных вычислительным методам.