Анализ и количественная оценка данных микроскопии локализации отдельных молекул [NEUBIAS Academy@...

После просмотра первой части этого вебинара, проведенного Сиан Калли, участники должны уметь выбирать наиболее подходящие методы локализации молекул в необработанных данных SMLM и количественной оценки этой локализации. Они также должны уметь правильно интерпретировать полученные результаты, зная распространенные ошибки, встречающиеся в SMLM. Во второй части Флориан Левет рассказывает о SR-Tesseler, открытой интерактивной программной платформе, которая позволяет проводить многомасштабную сегментацию и количественную оценку данных 2D-локализационной микроскопии. Он также раскрывает новые возможности для 3D-сегментации и анализа в SR-Tesseler. Часть 1: Базовый анализ SMLM --- 00:01:27 Общий обзор SMLM и анализа 00:07:00 Введение в программное обеспечение ThunderSTORM 00:10:25 Высокая и низкая плотность 00:12:11 Демонстрация: ThunderSTORM на разреженных данных 00:31:03 Проблемы анализа данных высокой плотности 00:35:05 Демонстрация: ThunderSTORM на данных высокой плотности 00:38:52 Альтернативные методы для данных высокой плотности 00:41:58 Артефакты в анализе SMLM 00:45:05 Демонстрация: Оценка качества с помощью SQUIRREL 00:47:24 Локализация в осевом направлении 00:48:44 Демонстрация: ThunderSTORM на данных об астигматизме 00:53:23 Заключение анализа SMLM и вопросы и ответы --- Часть 2: Количественная оценка SMLM данные 01:00:33 Обзор части 2 01:01:33 Введение в методы рендеринга и квантификации 01:05:44 Функции Рипли для кластерного анализа 01:09:52 Парный корреляционный кластерный анализ 01:10:54 Байесовский кластерный анализ 01:12:16 Кластерный анализ на основе машинного обучения 01:13:40 Анализ сегментации DBSCAN 01:16:17 Методы на основе тесселяции (SR-TESSELER) 01:23:03 Количественная оценка сегментированных объектов 01:24:49 Методы 3D-сегментации 01:26:07 Подсчет молекул и стехиометрия 01:29:17 Ратиометрическая количественная оценка 01:32:20 Стехиометрическая количественная оценка с помощью qPAINT 01:35:34 Демонстрация: SR-TESSELER 01:42:11 Вопросы и ответы Слайды доступны по ссылкам: https://github.com/superresolusian/NE... https://github.com/flevet/NEUBIAS_Aca... ========== Докладчики Сиан Калли, научный сотрудник UCL, Лондон, Великобритания. Флориан Левет, научный сотрудник IINS, Бордо, Франция ========== Модераторы Брам ван ден Брук, Нидерландский институт рака, Амстердам, Нидерланды Даниэль Сейдж, EPFL, Лозанна, Швейцария Педро Матос-Перейра, ITQB, Лисон, Португалия =========== Все вопросы и ответы будут доступны на форуме image.sc, где вы сможете задавать вопросы и в будущем: https://forum.image.sc/t/neubias-acad... =========== Пожалуйста, заполните нашу анкету удовлетворенности вебинар: https://docs.google.com/forms/d/e/1FA...