MIA: Мартин Штайнеггер, Исследование белковой вселенной; Суён Ча (2025)

Модели, выводы и алгоритмы 24 сентября 2025 г. Институт Броуда при Массачусетском технологическом институте и Гарварде Встреча: Изучение белковой вселенной с помощью высокоточных структурных предсказаний Мартин Штайнеггер Сеульский национальный университет Понимание взаимосвязей и функций белков в глобальном масштабе имеет важное значение для получения новых биологических знаний. Достижения в области структурных предсказаний следующего поколения, таких как AlphaFold2 и ESMfold, позволили получить беспрецедентный объем белковых структур, что является мощной основой для решения этой задачи. В этом докладе я покажу, как наши вычислительные методы MMseqs2, Foldseek и Folddisco позволяют извлекать биологические данные из белковых последовательностей и структур в масштабе почти в миллиарды единиц, ускоряя изучение функций и эволюции белков. Дополнительные ресурсы: Вирусная база данных: BFVD - bfvd.foldseek.com Foldseek, Foldseek-multimer: foldseek.com Кластеры AlphaFold: cluster.foldseek.com AFESM: afesm.foldseek.com Folddisco: folddisco.foldseek.com Слайды доступны здесь: https://www.dropbox.com/scl/fi/0xrhdl... Введение: От последовательности к структуре: Основы анализа последовательности и структуры белков Суён Ча Сеульский национальный университет Сравнение последовательностей и структур белков является краеугольным камнем вычислительной биологии, однако каждый подход имеет свои компромиссы в отношении чувствительности и Масштабируемость. В этом вводном материале мы начнем с основ выравнивания последовательностей и поиска сходства на основе k-меров, подчеркнув как их сильные, так и слабые стороны. Затем мы перейдем к структурному выравниванию, представив такие методы, как TM-align, и обосновав необходимость альтернативных представлений, таких как 3Di. Далее мы кратко обсудим Foldseek и то, как он обеспечивает быстрое сравнение структур в больших масштабах. Наконец, мы рассмотрим мотивацию кластеризации белковых последовательностей и структур, почему это необходимо в больших наборах данных и различные стратегии, которые можно применять. На простых иллюстративных примерах этот вводный материал призван предоставить участникам необходимые базовые знания для понимания последующих обсуждений по исследованию белковой вселенной с помощью точных структурных предсказаний. Для получения дополнительной информации посетите: https://www.broadinstitute.org/talks/... Авторские права принадлежат Broad Institute, 2025. Все права защищены.