Синем Сака (EMBL): «Инструментарий ДНК для пространственной биологии: от визуализации до секвенир...

Докладчик: Синем Сака (EMBL) Аннотация: Наша группа в EMBL разрабатывает и применяет методы пространственной биологии и пространственной омики для понимания того, как клеточная и молекулярная организация влияют на функцию. Ранее мы разработали мультиплексные методы визуализации, такие как SABER-FISH и Immuno-SABER, которые используют ДНК-баркодинг и гибкую систему усиления сигнала in situ для эффективной визуализации множества белковых, ДНК- или РНК-мишеней в клетках и тканях. Совсем недавно мы начали использовать ДНК-баркодинг для нового подхода к пространственной транскриптомике, Light-Seq, который напрямую интегрирует флуоресцентную визуализацию и полногеномное секвенирование нового поколения одних и тех же клеток в фиксированных биологических образцах. Light-Seq сочетает в себе пространственно-целевое, быстрое фотосшивание ДНК-баркодов на кДНК in situ с новой одноэтапной реакцией сшивания ДНК для создания объединенных, пространственно индексированных библиотек секвенирования. Этот метод светового штрихкодирования позволяет проводить in situ селекцию множества клеточных популяций в неповрежденных фиксированных образцах тканей для полного секвенирования транскриптома на основе местоположения, морфологии или окрашивания белков, без диссоциации клеток. Применяя Light-Seq к срезам сетчатки мыши, мы выделили тысячи дифференциально обогащенных транскриптов из трех смежных клеточных слоев и обнаружили новые биомаркеры для очень редкого нейронального подтипа — дофаминергических амакриновых клеток — всего из 4-8 отдельных клеток на срез. Light-Seq обеспечивает доступный рабочий процесс, позволяющий комбинировать in situ визуализацию и окрашивание белков с секвенированием тех же клеток нового поколения, сохраняя образец неповрежденным для дальнейшего анализа после секвенирования. Более подробную информацию о группе по оптическим исследованиям Janelia можно найти здесь: https://www.janelia.org/OIG