朱镕基1999年4月访美没能达成加入WTO的协议，后悔的是克林顿。稍后法轮功在中南海静坐、北约炸毁贝尔格莱德中国大使馆，谈判陷入僵局。在江泽民和克林顿的直接促成下，波折之后双方最终在11月达成一致。

朱镕基对中国加入WTO贡献突出，他在中共最高层领导中确实非常出色，但是放在历史尺度下考察，他就是中共体制下的一个能干的管理者，并没有超出体制。他是体制内最优秀的工程师之一，并不是新体制的设计师。 1990年在上海市长任上、还是中央候补委员的时候，朱镕基访问过美国。当时离8964不远，美国有人在公开场合说他是中国的戈尔巴乔夫，他立即用英文纠正，我不是中国的戈尔巴乔夫，我是中国的朱镕基。现在有人将他比作美国的汉密尔顿，或者中国历史上的商鞅、曾国藩，我想朱镕基在天之灵的回应也是一样的，我就是中国改革开放时代的朱镕基。我们就不用给他找外国亲戚或者让他传承中国先贤了。 朱镕基访美的时候带来了一些新的让步，有可能是2月底召开的政治局扩大会议上中共最高层达成了一致，他们大多应该还是希望尽早加入WTO。这些让步包括美国公司可以持有中国电信企业和保险公司最高51%的股份，美国汽车制造商可以在5年之内以比较低的关税全面进入中国市场，美国银行在中国入世后若干年可以向中国企业和家庭提供人民币服务，美国电影的配额每年从进口10部提高到40部，未来还可以参与影院建设。中国方面的让步幅度之大，美国谈判代表应该说略微感到震惊。但问题在于，其实克林顿还没有准备好。 中国方面直接介入谈判的是国务委员吴仪、对外经贸部长石广生和首席谈判代表龙永图，他们都跟随朱镕基到了美国。团队的说法是跟美国方面的谈判就像是菜市场的讨价还价，有时候争得比较厉害，还会拍桌子。美国方面是克林顿拍板，团队包括财政部长鲁宾，后来是拉里萨默斯，也就是后来担任哈佛校长、追求过中国经济学家金刻羽的萨默斯，还有白宫经济委员会主任斯珀林，直接谈判者是美国贸易代表莎琳巴尔舍夫斯基Charlene Barshefsky。她在芝加哥犹太移民家庭长大，1950年出生，当时49岁，职业背景是国际贸易领域的律师。她小时候对中国的了解就是在自己芝加哥家里的后院用小铲子一直挖下去，一气挖通以后就到了中国。巴尔舍夫斯基在克林顿政府最初担任贸易副代表，处理与中国的贸易争端是从盗版的美国电影、音乐和软件开始的，光盘数以亿计。在美国知识产权正式进入中国以前，它们的产品已经通过盗版先行垄断了市场份额，只不过收入都归中国的盗版供应链。 当时中美关系中有几件事情困扰着华盛顿。首先是1996年大选周期中中国政府秘密向民主党竞选活动捐款的指控，这件事情其实不大，总的涉案捐款近300万美元，其中跟当时中央军委副主席刘华清的女儿有一些联系的金额大约30万美元，不过并没有证据显示政治捐款是中共最高层的策划。这些钱已经全数退还，但到1999年给克林顿造成的影响还没有消退。另外就是当时有情报说中国已经获得W-88的设计，这是美国核武库中最小型化的核弹头，主要用来给核潜艇发射，美国方面认为泄密可能跟在洛斯阿拉莫斯国家实验室工作的华裔科学家李文和有关。另外，朱镕基的方案中还缺少一项，当中国以低于成本的价格向美国出口钢铁制品、快速夺取市场份额的时候，美国可以采取单边行动。对美国工会而言这是个大问题。克林顿在犹豫中选择这次不签协议，而是要求贸易代表重返谈判桌，争取更好的条件。 克林顿尽到了礼数，按国事访问的规格接待朱镕基的正式访问，包括准国宴待遇。克林顿邀请朱镕基到白宫的总统家庭生活区，两人展开2个半小时的夜间会谈。这也是比较少见的营造私人朋友氛围的礼遇，总统一般只安排给关系比较好、互相信任的访客，但是双方无法消除误解。克林顿坦率地说，自己的顾问意见分歧，如果朱镕基认为必须在访问期间达成协议，他可以让团队连夜工作，虽然在国内政治上来说比较困难，对朱镕基来说在政治上也会造成困难，所以最好是双方宣布取得重大进展。朱镕基或许将克林顿的坦率理解成了婉拒，他感到有些困惑，但没有坚持。克林顿也由此将朱镕基的克制理解成了不着急。两个人都表现得相当体谅，结果也就体谅出了一次重大失败。