Префиксные деревья
Ben Langmead
0:00 / 0:00
Префиксные деревья
7 574 просмотра · 4 года назад
Ben Langmead
18,9 тыс. подписчиков
7 574 просмотра · 4 года назад
Здесь я представляю плейлист видеороликов по теме «Суффиксное индексирование», посвященный структурам данных индексов, которые работают путем организации всех суффиксов текста. В первом видео я обсуждаю структуру данных «префиксное дерево» (trie) и то, как ее можно использовать для хранения коллекций строк, возможно, связанных со значениями. Я рассказываю, как их можно представлять и запрашивать.
Эти материалы также находятся в открытом доступе на figshare. Пожалуйста, цитируйте эту работу; это гарантирует, что финансирующие организации увидят влияние и важность этих открытых учебных материалов.
Лангмид, Бен (2024). Структуры данных индексирования на основе суффиксов: учебные материалы. figshare. Коллекция. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c...
── Ссылки на курс и канал ──
Плейлист курса: Суффиксное индексирование
• Suffix Indexing
Связанные плейлисты:
Алгоритмы секвенирования ДНК: • Algorithms for DNA Sequencing
Индексирование Берроуза-Уилера: • Burrows-Wheeler Indexing
── Об авторе ──
Бен Лангмид — профессор компьютерных наук в Бен работает в Университете Джонса Хопкинса, где его исследования охватывают биоинформатику, вычислительную биологию и науку, основанную на больших объемах данных. Он является автором программ Bowtie и Bowtie 2; его группа также разработала программное обеспечение, такое как Kraken 2, и ресурсы, такие как recount3 и Index Zone, а также методы индексирования и запросов пангенома, основанные, например, на r-индексе и структуре перемещения. Методы его группы цитировались более 130 000 раз, и он является лауреатом таких наград, как премия NSF CAREER, стипендия Слоуна для научных исследований, премия Бенджамина Франклина за вклад в открытый доступ, а также многочисленных наград за преподавание и наставничество. Бен является основателем и руководителем InOrder Labs LLC (https://inorderlabs.com), экспертной консалтинговой фирмы в области биоинформатики и вычислительной биологии.
Канал: / @benlangmead
Учебные материалы: https://langmead-lab.org/teaching.html