Docking Molecular con AUTODOCK VINA (2026): GUIA COMPLETA paso a paso + Instalación GRATIS Windows
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Docking Molecular con AUTODOCK VINA (2026): GUIA COMPLETA paso a paso + Instalación GRATIS Windows
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🔗 Enlaces:
Descarga la Guía completa de Introducción a AutoDock Vina: https://recomputing-science.com/landi...
Descarga AutoDock Vina y Vina Split: https://github.com/ccsb-scripps/AutoD...
Descarga AutoDock Tools: https://ccsb.scripps.edu/mgltools/dow...
Descarga PyMOL: https://www.pymol.org/
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Aprende a instalar AutoDock Vina GRATIS en Windows y lanzar tu primer cálculo de docking paso a paso. El docking molecular es una de las herramientas de bioinformática estructural más utilizadas para predecir cómo se une un ligando a un receptor objetivo. En este video, realizaremos un experimento completo de re-docking con AutoDock Vina para validar nuestro protocolo computacional, utilizando como modelo la proteasa del VIH y su inhibidor cristalizado con el PDB ID: 1HSG.
🔍 ¿Qué aprenderás en este tutorial?:
Descarga, instalación y uso de AutoDock Tools y AutoDock Vina
Limpieza inicial de estructuras en PyMOL: Aprende a aislar el ligando y el receptor eliminando moléculas de disolvente, etc.
Preparación en AutoDock Tools (ADT): Añadiremos hidrógenos, cargas, configuraremos los enlaces rotables del ligando, el Grid Box con las dimensiones y coordenadas tridimensionales, generaremos los archivos en formato PDBQT...
Ejecución del con Vina desde la terminal.
Análisis de Resultados: veremos brevemente cómo interpretar los resultados del log de Vina, usaremos vina_split y calcularemos y realizaremos el análisis visual en PyMOL
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00:30 Introducción al Docking Molecular y AutoDock Vina
02:52 Descarga de Vina y Vina Split
04:32 Descarga e instalación de AutoDock Tools
08:33 Preparación del receptor y ligando en PyMOL
14:54 Preparación del ligando en ADT
21:00 Preparación de la proteína en ADT
23:35 Definición de la caja de búsqueda y el Binding Site
30:56 Generación del archivo de configuración
33:29 Ejecución del Docking
36:28 Análisis del log y resultados
39:12 Visualización en PyMOL
41:52 Guardar el log del cálculo
44:12 Conclusiones y recomendaciones
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