Попарный анализ среднеквадратичного отклонения (RMSD) траектории с использованием MDanalysis (Pyt...

MDAnalysis (http://mdanalysis.org) — это объектно-ориентированная библиотека для структурного и временного анализа траекторий моделирования молекулярной динамики (МД) и отдельных структур белков. Моделирование биологических молекул методом МД стало важным инструментом для выяснения взаимосвязи между молекулярной структурой и физиологической функцией. Моделирование выполняется с помощью высокооптимизированных программных пакетов на высокопроизводительных вычислительных ресурсах, но большинство программ генерируют выходные траектории в своих собственных форматах, поэтому разработка новых алгоритмов анализа траекторий ограничена определенными сообществами пользователей, а их широкое внедрение и дальнейшее развитие задерживаются. Библиотека MDAnalysis решает эту проблему, абстрагируя доступ к исходным данным моделирования и предоставляя пользователю единый объектно-ориентированный интерфейс Python. Таким образом, она позволяет пользователям быстро писать код, который является переносимым и сразу же пригодным для использования практически во всех сообществах, занимающихся моделированием биомолекул. Пользовательский интерфейс и модульная конструкция одинаково хорошо работают в сложных скриптовых рабочих процессах, в качестве основы для других пакетов, а также для интерактивной и быстрой работы по прототипированию в блокнотах IPython/Jupyter, особенно в сочетании с молекулярной визуализацией, предоставляемой nglview [1], и анализом временных рядов с помощью pandas [2]. MDAnalysis написан на Python и Cython и использует массивы NumPy для легкой совместимости с более широкой научной экосистемой Python. Он широко используется и составляет основу для более специализированных инструментов моделирования биомолекул. MDAnalysis распространяется под лицензией GNU General Public License v2. [1] https://github.com/arose/nglview [2] http://pandas.pydata.org/