Как анализировать данные RNA-Seq? Поиск дифференциально экспрессирующихся генов в ваших исследова...

Если мой учебный материал окажется для вас полезным, и вы будете использовать ту же стратегию анализа данных, пожалуйста, ССЫЛАЙТЕСЬ на мою статью по секвенированию РНК, опубликованную в «Scientific Reports - Nature»: https://www.nature.com/articles/s4159... И в «PLOS ONE»: https://journals.plos.org/plosone/art... ●Chu, C.P., Hokamp, ​​J.A., Cianciolo, R.E. et al. RNA-seq of serial kidney biopsies obtained during progression of chronic kidney disease from dogs with X-linked hereditary nephropathy. Sci Rep 7, 16776 (2017). ●Brinkmeyer-Langford C, Chu C, Balog-Alvarez C, Yu X, Cai JJ, et al. (2018) Профилирование экспрессии генов в процессе прогрессирования заболевания на собачьей модели мышечной дистрофии Дюшенна. PLOS ONE 13(3): e0194485. ------------------------------------ Это запись занятия VTPP 638 «Анализ геномных сигналов» в Техасском университете A&M. Предварительные знания в области РНК-секвенирования не требуются, и к записи прилагается множество бесплатных ресурсов, которые помогут вам научиться проводить анализ РНК-секвенирования. Вы узнаете: (1) Основные концепции РНК-секвенирования (2) Как спланировать эксперимент: подготовка библиотеки, глубина секвенирования, бюджет, статистическая мощность. (3) Конвейер анализа (4) Полезные ресурсы (все бесплатно!!!). Актуальные учебные материалы/курсы/статьи по анализу РНК-секвенирования (обновлено в декабре 2017 г.) http://www.biostars.org/p/174376/ ------------------------------------ Другие ссылки приведены здесь: 1. Сравнение различных наборов для подготовки РНК Illumina Truseq: http://www.illumina.com/documents/pro... 2. Анализ Scotty-Power для экспериментов по секвенированию РНК: http://scotty.genetics.utah.edu/ 3. Технология секвенирования Illumina:    • Illumina Sequencing Technology   4. Сайт для загрузки Ensembl по FTP (включая описание формата файла): http://useast.ensembl.org/info/data/f... 5. HISAT2: https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/i... 6. HTSeq: http://www-huber.embl.de/users/anders... 7. DESeq2 (нажмите на "PDF" для просмотра руководства): http://bioconductor.org/packages/rele... 8. Сколько биологических повторов необходимо в эксперименте по секвенированию РНК и какой инструмент для анализа дифференциальной экспрессии следует использовать? http://rnajournal.cshlp.org/content/2... 9. Онтология генов: http://pantherdb.org/ 10. Вебинары IPA: https://www.qiagenbioinformatics.com/... 11. Тренинги в суперкомпьютерном центре Техасского университета A&M: https://sc.tamu.edu/wiki/index.php/HP... 12. Инструменты командной строки для анализа геномных данных: https://www.coursera.org/learn/genomi... 13. Информатика для анализа РНК-секвенирования 2016:    • Informatics for RNA-Seq Analysis 2016   14. http://www.rnaseq.wiki/ 15. Информатика для секвенирования РНК: веб-ресурс для анализа в облаке: http://journals.plos.org/ploscompbiol... 16. Обзор лучших практик анализа данных РНК-секвенирования: https://genomebiology.biomedcentral.c... 17. Рабочий процесс РНК-секвенирования: исследовательский анализ на уровне генов и дифференциальная экспрессия: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/arti... 18. Блог о РНК-секвенировании: http://www.rna-seqblog.com/ 19. BioStars: http://www.biostars.org/ 20. Учебное пособие по анализу RNA-Seq: https://github.com/CandiceChuDVM/RNA-...