ADS1: Индексирование и индексы k-mer

Мы обсуждаем индексирование и основные принципы, лежащие в его основе: упорядочивание и группировку. Мы также рассматриваем один конкретный тип индекса, который можно использовать для последовательностей ДНК. Страница курса: https://www.coursera.org/course/ads1. ── Ссылки на курс и канал ── Плейлист курса: Алгоритмы секвенирования ДНК    • Algorithms for DNA Sequencing   ── Об авторе ── Бен Лэнгмид — профессор компьютерных наук в Университете Джона Хопкинса, где его исследования охватывают биоинформатику, вычислительную биологию и науку, основанную на больших данных. Он является автором книг Bowtie и Bowtie 2; Его группа также разработала программное обеспечение, такое как Kraken 2, и ресурсы, такие как recount3 и Index Zone, а также методы индексирования и запросов пангенома, основанные, например, на r-индексе и структуре перемещения. Методы его группы цитировались более 130 000 раз, и он является лауреатом таких наград, как премия NSF CAREER, стипендия Слоуна для научных исследований, премия Бенджамина Франклина за вклад в открытый доступ, а также многочисленных наград за преподавание и наставничество. Бен является основателем и руководителем InOrder Labs LLC (https://inorderlabs.com), экспертной консалтинговой фирмы в области биоинформатики и вычислительной биологии. Канал:    / @benlangmead   Учебные материалы: https://langmead-lab.org/teaching.html