Основы проектирования связывающих белков веществ с помощью радиочастотной диффузии (1)

Изучите основы RFdiffusion (1) в Rosetta Commons. Это пошаговое руководство по использованию инструмента, дополненное более подробным письменным руководством. Узнайте больше: https://rosettacommons.org Учебные материалы: https://github.com/RosettaCommons/RFd... Github RFdiffusion: https://github.com/RosettaCommons/RFd... Установите ChimeraX: https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/dow... Установите Stride: https://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/... Статья о RFdiffusion: https://www.nature.com/articles/s4158... Наша статья, где описан подход, вдохновленный токсинами: https://journals.physiology.org/doi/f... Руководство Руководство по потенциальным механизмам: https://huggingface.co/blog/AmelieSch... Разделы 0:00 Введение и обзор 2:38 Подготовка структуры и визуализация 4:50 Настройка параметров диффузии RosettaFold 5:22 Запуск диффузии RosettaFold 8:40 Понимание выходных файлов 13:12 Анализ сгенерированных базовых структур 14:00 Использование скриптов анализа 17:18 Фильтрация высококачественных базовых структур 19:37 Дальнейшие шаги и заключение Этот учебный материал основан на исследованиях, проведенных Диего Лопесом Матеосом в лаборатории Ярова-Ярового в Калифорнийском университете в Дэвисе, как описано в следующей статье: [Использование методов глубокого обучения для разработки лекарств для вольтаж-зависимых ионных каналов] Discovery](https://journals.physiology.org/doi/f.... Докладчик: Мэтью Хваста Авторы: Мэтью Хваста, Диего Лопес Матеос, Куш Наранг Контроль качества: Анджела Колберт, Рокко Моретти, Фирас Хатиб, Джоанна Макнар, Тэ-Ын Ким Видеооператор: Кэньон Флори Редактор | Режиссер: Остин Симанн Менеджеры проекта: Рэйчел Клун, Эшли Ватер, Джулия Колер Леман