Эпизод 81 (США): Сравнение кластеризации BANKSY/Leiden и PCA/Leiden для последующего анализа

Многие традиционные инструменты используют пространственные окрестности в качестве ограничений для построения пространственных сетей, но они полагаются на раздельное снижение размерности и кластеризацию. BANKSY использует расширение признаков. Он явно объединяет вектор внутренней экспрессии генов клетки с агрегированной экспрессией ее соседей. Это единое пространство произведений позволяет стандартным инструментам кластеризации (таким как Louvain или Leiden) обрабатывать данные напрямую. Присоединяйтесь к нам на этом вебинаре, где мы рассмотрим реализацию BANKSY в SpatialX и сравним ее с традиционной кластеризацией PCA/Leiden для подготовки данных к последующему анализу.