Учебное пособие по Autodock Vina — молекулярная стыковка

#Белок #Структура #Анализ #Биоинформатика #Белок #Лиганд #Ингибитор Блог: https://farhanhaqjahangiri.blogspot.c... 1. Скачайте и установите MGL Tools (http://mgltools.scripps.edu/downloads) 2. Запустите установку, это займёт несколько минут. 3. После этого скачайте AUTODOCK Vina и PYMOL по ссылкам http://vina.scripps.edu/index.html https://pymol.org/2/ 4. AUTODOCK используется для молекулярного докинга, в ходе которого мы ищем подходящий лиганд для белка. 5. База данных RCSB PDB используется для структур PDB белков, а PubChem — для загрузки лиганда. 6. Откройте структуру белка в инструментах AUTODOCK. 7. Теперь необходимо подготовить белок к взаимодействию с лигандом. 8. Удалите все молекулы воды из структуры и добавьте полярные водородные остатки. 9. Теперь добавьте заряды Коллмана для наилучшего взаимодействия белка с лигандом. 10. Конвертируйте файл SDF в PDB для загрузки в инструмент AUTODOCK с помощью PYMOL. 11. Подготовьте файл лиганда, следуя инструкциям. 12. Подготовьте сетку, загрузите файл белка и файл лиганда. 13. Откройте поле сетки, в котором будет указано точное место, где будет происходить стыковка. 14. Откройте командную строку и укажите путь к папке с файлом. 15. Подготовьте файл config.txt со всеми измерениями. 16. Теперь выполните команду. 17. Будет сгенерирован файл log.txt, содержащий оценку стыковки.