Высококачественное секвенирование длинных прочтений для классификации подтипов ОЛЛ

Может ли секвенирование длинных прочтений HiFi помочь классифицировать подтипы ОЛЛ, отслеживая при этом обнаруженную в MLL РНК-содержащую фузию SEMA6A::FEM1C? В этой презентации на PRISM 2026 Венке Вальтер, старший биоинформатик и руководитель отдела инноваций в Мюнхенской лаборатории лейкемии MLL, объясняет, как лаборатория оценивает результаты секвенирования длинных прочтений PacBio HiFi и Kinnex наряду с устоявшимися методами секвенирования транскриптома с использованием коротких прочтений. Она рассказывает о классификации подтипов ОЛЛ, профилировании экспрессии генов и последующем анализе отдельных клеток, который сопоставляет прочтения транскриптов фузий с клеточными штрихкодами. Основные выводы В 2021 году MLL обрабатывала более 100 000 образцов в год, примерно половина из которых использовалась для первичной диагностики, а половина — для последующего наблюдения или тестирования минимальной остаточной болезни (МОБ). Для ОЛЛ центральная задача MLL — классификация подтипов, охватывающая более 20 подтипов, а не только определение того, является ли образец ОЛЛ. В примерах данных MLL профили экспрессии РНК с длинным прочтением Kinnex/HiFi были сопоставимы с данными с коротким прочтением, с той же классификацией подтипов и сопоставимой уверенностью прогнозирования. SEMA6A::FEM1C представлен как транскрипт слияния на уровне РНК без коррелята структурных вариантов ДНК, проанализированный в когорте из 4928 пациентов с подозрением на BCP-ОЛЛ и в валидационной когорте из 234 пациентов. В ходе последующего анализа отдельных клеток у 12 пациентов MLL объединил 10-кратное секвенирование кДНК с секвенированием длинных прочтений PacBio для картирования прочтений транскриптов слияния по клеточному штрихкоду, при этом в описанном анализе не было обнаружено Т-клеток, несущих транскрипт слияния. Приглашенные докладчики Венке Вальтер, старший биоинформатик и руководитель отдела инноваций (MLL Munich Leukemia Laboratory) Разделы 00:00 Диагностическая миссия и масштаб MLL 02:49 Диагностические рабочие процессы и контекст тестирования ALL 06:20 Почему важна классификация подтипов ALL 07:17 Клинический транскриптомный рабочий процесс в MLL 09:28 Классификатор экспрессии генов и контекст ALLCatchR 10:22 Сравнение данных РНК Kinnex и HiFi с секвенированием коротких прочтений 11:29 Пример данных MLL и результаты классификации подтипов 13:28 Транскрипт слияния SEMA6A::FEM1C на уровне РНК 15:47 Последующее исследование длинных прочтений отдельных клеток с использованием 10x кДНК 18:02 Гипотезы механизмов и будущие исследования 19:33 Анализ изоформ, определение слияний и дальнейшие шаги 20:41 Заключение Ресурсы Узнайте больше о секвенировании PacBio HiFi: https://www.pacb.com/technology/hifi-... Узнайте больше о PacBio Kinnex: https://www.pacb.com/technology/kinnex/ ALLCatchR GitHub: https://github.com/ThomasBeder/ALLCatchR Как вы оцениваете секвенирование РНК с длинными прочтениями в вашем рабочем процессе исследований лейкемии или транскриптома? Оставляйте комментарии ниже. Подписывайтесь на канал PacBio, чтобы получать больше контента по геномике: https://www.youtube.com/@PacificBiosc... Узнайте больше о PacBio на сайте https://pacb.com/ Юридическая информация и товарные знаки: https://www.pacb.com/legal-and-tradem... #HiFiSequencing #LongReadSequencing #LeukemiaResearch