Секвенирование длинными прочтениями в исследованиях редких заболеваний

Если ваш рабочий процесс исследования редких заболеваний застопорился после анализа коротких прочтений или многоуровневых анализов, высокоточное секвенирование длинных прочтений может добавить данные о вариантах, метилировании и фазировании. В этом вебинаре PacBio Нина Гонсалудо, доктор философии, и Рамакришнан (Рамки) Раджагопалан, доктор философии, из Детской больницы Филадельфии, связывают этот вопрос, касающийся рабочего процесса, с примерами из исследовательской когорты CHOP, включающими вставки NIPBL, делецию MEG3 с данными о метилировании и фазировании, а также данные о транскриптах Iso-Seq вблизи HK1. Основные выводы Почему рабочие процессы исследования редких заболеваний могут оставлять без внимания структурные варианты, повторные вставки, фазовые связи, паттерны метилирования и эффекты транскриптов. - Что показывают опубликованные исследования редких заболеваний о высокопроизводительном полногеномном секвенировании (HiFi WGS), включая классы вариантов, паттерны метилирования, фазирование и вопросы рабочего процесса, которые трудно интерпретировать с помощью поэтапных подходов с короткими прочтениями и подходов, специфичных для анализа. Как высокопроизводительное секвенирование с длинными прочтениями поддерживает исследования однонуклеотидных вариантов (SNV), инсерций/делеций (indel), вариаций числа копий (CNV)/вариаций структурных вариантов (SV), тандемных повторов, метилирования и фазирования в одном типе данных. Примеры из когорты CHOP, включающие события вставки NIPBL, делецию MEG3 размером 203 bp, фазированную с близлежащим SNV, и дупликацию выше по течению HK1, исследованную с помощью PacBio Iso-Seq. Вопросы и ответы о том, когда следует рассматривать длинные прочтения на ранних стадиях, рабочие процессы с митохондриальной ДНК, специфичность метилирования для тканей, целевые и общегеномные подходы, а также компромисс между 20-кратным и 30-кратным покрытием. Приглашенные спикеры Нина Гонсалудо, PhD, руководитель глобального сегмента - Клинические исследования, редкие заболевания, PacBio Рамакришнан (Рамки) Раджагопалан, PhD, директор по трансляционной биоинформатике, Отдел геномной диагностики, Детская больница Филадельфии Разделы 00:00 Приветствие и подготовка к вебинару 01:33 Рабочие процессы исследований редких заболеваний и почему важны более полные данные 02:49 Обзор высокопроизводительного секвенирования для исследований редких заболеваний 03:55 Примеры исследований редких заболеваний с использованием высокопроизводительных полногеномных данных 09:50 Мультиомические приложения: Iso-Seq, метилирование и целевое секвенирование 14:09 Конвейер обработки вариантов полногеномного секвенирования PacBio и его масштабирование 17:11 Рамки Раджагопалан представляет CHOP и цели исследования 19:47 Контекст клинического тестирования и границы рабочих процессов исследований 20:30 Почему многоуровневая структура анализы сохраняются на практике 25:22 Пробелы в поэтапных рабочих процессах исследования редких заболеваний 30:06 Небольшая вставка и фазирование в неразрешенном образце 31:36 Вставки NIPBL в исследованиях синдрома Корнелии де Ланге 34:53 Примеры мультиомики из CHOP 37:22 Делеция MEG3, метилирование и синдром Кагами-Огата 40:23 Доказательства транскриптов Iso-Seq и HK1 42:47 Препятствия на пути внедрения длинных прочтений в лабораторные исследования 45:07 Вопросы и ответы: выбор образцов для секвенирования длинных прочтений 48:44 Вопросы и ответы: мультиомика, метилирование и РНК 50:00 Вопросы и ответы: митохондриальная ДНК и гетероплазмия 52:10 Вопросы и ответы: сигнатуры метилирования и тканевая специфичность 53:02 Вопросы и ответы: целевые и общегеномные подходы 54:49 Вопросы и ответы: Компромиссы между покрытием и выявлением вариантов 56:19 Вопросы и ответы: дальнейшие исследования и будущий прогресс Ресурсы: Технология секвенирования HiFi: https://www.pacb.com/technology/hifi-... Белая книга по секвенированию HiFi при редких заболеваниях: https://www.pacb.com/wp-content/uploa... Длинно прочтенная РНК-секвенирование при редких заболеваниях: https://www.pacb.com/publications/hif... В каких областях данные длинно прочтений принесут наибольшую пользу в вашем рабочем процессе исследования редких заболеваний? Оставьте комментарий ниже. Подпишитесь на PacBio, чтобы получать больше вебинаров по HiFi-секвенированию, исследованиям редких заболеваний, геномике человека и мультиомическим приложениям: https://www.youtube.com/@PacificBiosc... Только для исследовательских целей. Не для использования в диагностических процедурах. #РедкиеЗаболевания #HiFiСеквенирование #ДлинноЧитовоеСеквенирование