Genome Toolkit. Часть 4.2: Модернизация существующего проекта на Python

🚀 [ОПИСАНИЕ]: В части 4.2 мы модернизируем Genome Toolkit и превращаем наш первоначальный проект в полноценный устанавливаемый пакет Python. Мы переходим от Pipenv к uv, организуем код в src/, переносим существующие алгоритмы k-меров в новый пакет и обновляем application.py для их использования. Самое важное, мы сохраняем научные вычисления без изменений и проверяем, что Genome Toolkit по-прежнему выдает точно такие же результаты. #GenomeToolkit #Биоинформатика #ПрограммированиеНаPython #Kmers #АнализДНК #НаучныеВычисления #ПакетPython #UV #Ruff #Воспроизводимость 🔹🔹🔹🔹🔹 💻 [РЕПОЗИТОРИЯ НА GITHUB]: https://github.com/rebelC0der/Genome_... 🔹🔹🔹🔹🔹 🔗 [ВЕРСИЯ СТАТЬИ]: https://rebelscience.club/2026/08/gen... 🔹🔹🔹🔹🔹 💡 [СОВЕТ №1 — КОД] [RUNNER + UV]: Если вы используете расширение Code Runner в VS Code или VSCodium, убедитесь, что оно использует интерпретатор Python, выбранный вашим редактором. Это позволит Code Runner использовать новую среду .venv, созданную Genome Toolkit, вместо вашей глобальной установки Python. Открыть: Ctrl + Shift + P Затем найти: Открыть пользовательские настройки (JSON) Найдите существующую запись: "code-runner.executorMap" и обновите запись Python следующим образом: "code-runner.executorMap": { "python": "$pythonPath -u $fullFileName" } Оставьте остальные записи языков без изменений. Теперь Code Runner будет использовать интерпретатор Python, выбранный VS Code/VSCodium, что позволит использовать знакомое сочетание клавиш: Ctrl + Alt + N для запуска Genome Toolkit внутри правильной среды .venv. 🔹🔹🔹🔹🔹 💡 [СОВЕТ №2 — ЛИНТЕР И ФОРМАТТЕР RUFF]: Ruff — это современный линтер и форматтер для Python, который автоматически поддерживает чистоту, единообразное форматирование и упрощает поддержку кода по мере развития Genome Toolkit. Установите или включите официальное расширение Ruff от Astral Software в VS Code/VSCodium. Затем откройте JSON-файл настроек пользователя и добавьте или проверьте: { "[python]": { "editor.defaultFormatter": "charliermarsh.ruff", "editor.formatOnSave": true, "editor.codeActionsOnSave": { "source.fixAll.ruff": "explicit", "source.organizeImports.ruff": "explicit" } }, "ruff.nativeServer": "on" } Наиболее важная настройка для нашего повседневного рабочего процесса: "editor.formatOnSave": true Теперь каждый раз, когда мы сохраняем файл Python, Ruff может автоматически поддерживать чистоту и единообразие форматирования. 🔹🔹🔹🔹🔹 @coreyms: Учебник по Python: UV — более быстрый и универсальный менеджер пакетов, заменяющий Pip и Venv:    • Python Tutorial: UV - A Faster, All-in-One...   Учебник по Python: Ruff — быстрый линтер и форматтер, заменяющий множество инструментов и улучшающий качество кода:    • Python Tutorial: Ruff - A Fast Linter & Fo...   🔹🔹🔹🔹🔹 ✨ [СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ]! Будьте в курсе событий и присоединяйтесь к нашему растущему сообществу биокодеров и бунтарей! 🐦 X: https://x.com/rebelCoderRU 🐘 Mastodon: https://mastodon.social/@RebelCoder ✍️ Medium:   / rebelcoderbio   📺 Odysee: https://odysee.com/@rebelCoder:4 🔹🔹🔹🔹🔹 🔬 [ПРИСОЕДИНЯЙТЕСЬ К НАУЧНОМУ СООБЩЕСТВУ REBEL]! Взаимодействуйте с нами, задавайте вопросы и делитесь своими идеями! ✉️ Telegram: https://t.me/biocodex 💬 Matrix: https://app.element.io/#/room/#biotechdna:matrix.org 🌐 Веб-сайт: https://rebelscience.club/ 🗣️ Форум: https://forum.rebelscience.club/ 🔹🔹🔹🔹🔹 💖 [ПОДДЕРЖИТЕ REBELSCIENCE]! Надеюсь, этот следующий шаг в создании Genome Toolkit был полезен для вашего пути в биоинформатике и программировании! Если это видео оказалось для вас полезным и вы хотите помочь нам продолжить развитие rebelScience, пожалуйста, рассмотрите возможность поддержки нашего проекта. Здесь вы можете ознакомиться с различными способами внесения пожертвований: https://rebelscience.club/cryptocurre... 🔹🔹🔹🔹🔹 📧 По всем вопросам: info@rebelscience.club