日本人男性が父から受け継ぐDNAの正体｜古代DNAを自分のパソコンで解析してみた

日本人の男性の何割が、縄文人につながるY染色体を持っているのか。答えは3割強（2014年、本土の男性2,390人の調査でD型が32%）。ところがゲノム全体で見ると、縄文から来た分は12.4%（2024年、17万1287人の研究）しかありません。このずれはどこから来るのか。骨の研究から最新の古代ゲノムの論文までを読み、公開されている古代人のDNAを自分のパソコンで並べて確かめました。 ▼目次 00:00 冒頭：Y染色体の3割強と、ゲノム全体の1割 02:05 骨が語った二つの顔 06:48 100万人の渡来？ 12:34 縄文人のゲノム 21:31 弥生人は一色じゃない 25:44 三つめの成分 32:50 言葉は誰が運んだ 36:34 言い過ぎを検算 43:06 自分で並べる（実験） 55:19 答え合わせ ▼この動画で分かったこと ・Y染色体は父から息子へ1本の線で伝わり、息子の数でたまたま大きく増えたり消えたりします。Yの3割強とゲノム全体の1割ちょっとがずれていても、それだけでは矛盾とは言えません。ただ、なぜYで縄文の型がこれほど残ったのかは、まだ決まっていません ・「100万人の渡来」は1987年の論文の暫定的なシミュレーションの数字でした。米を作る人の方が速く増えたなら、少ない人数でも長い時間で多数派になれます（2008年の論文の表を自分で計算し直し、一致しました） ・ラオスの約8千年前の狩猟採集民の骨に、今の東アジアのどの人よりも近いのが、愛知の縄文人でした。東アジアの古い根っこを共有しているためで、ラオスから来たという意味ではありません ・弥生人の中身は場所で大きく違いました。長崎・平戸の根獅子の2人はほぼ縄文、山口・土井ヶ浜の女性は縄文が約7%。「弥生人は半分縄文」とひとまとめにはできません ・今の日本人の成分は三つ見えますが、それが二つの波なのか、すでに混ざった人たちの続いた流れなのかは、まだ決着していません ・縄文の分は近畿で少なく、沖縄や東北で多い。論文は、縄文時代の人口が少なかった土地ほど渡来系の子孫の割合が大きくなった、と「おそらく」付きで説明しています ・「日本人のDNAの71%は第三の祖先から」という数字は、2021年の論文の本文と大学の発表文には見つけられませんでした ・自分のPCA（主成分分析）では、1回目は読めたDNAの量の順に並んだだけの失敗、2回目はラオスの古い骨が今の日本人の隣に来る「罠」でした。3回目に縄文人を軸に入れると、大陸・古墳・今の本土・近い時代の宮古・縄文という、論文と同じ順番が見えました ・2026年に発表された弥生人5人を元のデータから自分で読み出して同じ図に置くと、縄文のかたまりから今の日本人の隣まで散らばりました。論文の図と同じ向きです ・自分の図の「縄文寄り度」は、基準を韓国の人から漢族に変えるだけで今の日本人が18から27に動きました。図の上の位置の目安です。地域の差と縄文の分の正確な割合は、自分では確かめられませんでした ・宮古島の長墓遺跡では、約2800年前の2人が縄文のかたまりに、17世紀より後の3人が今の本土の日本人の隣に来ました（論文にもある内容です） ▼出典 骨・人口・年代 ・Hanihara (1991) Dual Structure Model for the Population History of the Japanese. Japan Review 2: 1–33. doi:10.15055/00000397 ・Hanihara (1987) Estimation of the number of early migrants to Japan: a simulative study. 人類學雜誌 95(3): 391–403. doi:10.1537/ase1911.95.391 ・中橋孝博・飯塚勝 (2008) Anthropol Sci (Jpn Ser) 116(2). doi:10.1537/asj.116.131 ・西本豊弘ほか (2009) 科学研究費補助金の事後評価資料（国立歴史民俗博物館）／春成秀爾ほか (2003)／藤尾慎一郎・今村峯雄 (2006) 国立歴史民俗博物館研究報告 133 ・Shoda, S. (2007) A comment on the Yayoi period dating controversy. Bull Soc East Asian Archaeol 1 ・米元史織 (2022) 九州大学総合研究博物館研究報告 19 縄文人のゲノム ・Kaifu et al. (2020) Sci Rep 10: 19785. doi:10.1038/s41598-020-76831-7 ・Mizuno et al. (2021) Sci Rep 11: 12018. doi:10.1038/s41598-021-91357-2 ・Kanzawa-Kiriyama et al. (2017) J Hum Genet 62: 213–221. doi:10.1038/jhg.2016.110 ・Kanzawa-Kiriyama et al. (2019) Anthropol Sci 127(2): 83–108. doi:10.1537/ase.190415 ・McColl et al. (2018) Science 361: 88–92. doi:10.1126/science.aat3628 ・Gakuhari et al. (2020) Commun Biol 3: 437. doi:10.1038/s42003-020-01162-2 ・Watanabe et al. (2026) Sci Adv 12: eaea7469. doi:10.1126/sciadv.aea7469 ・Ishiya et al. (2026) PNAS. doi:10.1073/pnas.2606162123 ・Yang et al. (2025) Curr Biol 35. doi:10.1016/j.cub.2025.08.051 ・Cooke et al. (2024) iScience 27: 110050. doi:10.1016/j.isci.2024.110050 ・国立科学博物館・東京大学・金沢大学の発表資料 弥生人・古墳時代の人・今の日本人 ・Cooke et al. (2021) Sci Adv 7: eabh2419. doi:10.1126/sciadv.abh2419 ・Kim et al. (2024) J Hum Genet 70: 47–57. doi:10.1038/s10038-024-01295-w ・Kim et al. (2026) Sci Rep 16: 4833. doi:10.1038/s41598-026-34996-7 ・Gelabert et al. (2022) Curr Biol 32: 3232–3244. doi:10.1016/j.cub.2022.06.004 ・Liu et al. (2025) Nat Commun 16: 1322. doi:10.1038/s41467-025-56555-w ・Yamamoto et al. (2024) Nat Commun 15: 9780. doi:10.1038/s41467-024-54052-0 ・Watanabe, Isshiki & Ohashi (2021) J Hum Genet 66: 431–437. doi:10.1038/s10038-020-00847-0 ・Watanabe & Ohashi (2023) iScience 26: 106130. doi:10.1016/j.isci.2023.106130 ・Liu et al. (2024) Sci Adv. doi:10.1126/sciadv.adi8419 ・Wang et al. (2021) Nature 591: 413–419. doi:10.1038/s41586-021-03336-2 ・Sato et al. (2014) Anthropol Sci 122: 131–136. doi:10.1537/ase.140709 ・理化学研究所の発表資料 言葉 ・Robbeets et al. (2021) Nature 599: 616–621. doi:10.1038/s41586-021-04108-8 ・Tian et al. (2022) bioRxiv（査読前の原稿）. doi:10.1101/2022.06.09.495471 ・Lee & Hasegawa (2011) Proc R Soc B 278: 3662–3669. doi:10.1098/rspb.2011.0518 読み方の注意 ・American Association of Biological Anthropologists (2019) Statement on Race and Racism ・Lawson et al. (2018) Nat Commun 9: 3258. doi:10.1038/s41467-018-05257-7 ▼実験のデータ ・Allen Ancient DNA Resource（AADR）v66.p1（CC0） doi:10.7910/DVN/FFIDCW ／ Mallick et al. (2024) Sci Data. doi:10.1038/s41597-024-03031-7 ・長崎の弥生人4人：DDBJ PRJDB35646（Kim ほか 2026） ・土井ヶ浜の弥生人の男性：ENA PRJEB84363（Ishiya ほか 2026） ・上のデータから自分で遺伝子型を作ってPCAを計算しました。論文の図の再現ではありません。データを取り出す道具はAIと一緒に組みました ▼写真・図のライセンス ・論文の図（CC BY 4.0）：Cooke ほか 2021 図1・図2、Kim ほか 2026 図2、Robbeets ほか 2021 図1、Watanabe ほか 2026 図1、Watanabe & Ohashi 2023 図3。Yamamoto ほか 2024 と Cooke ほか 2024 の数字は、論文の図を使わず自分で描き直しました ・縄文土器：Daderot（CC0） https://commons.wikimedia.org/wiki/Fi... ・弥生土器：Saigen Jiro（Public domain） https://commons.wikimedia.org/wiki/Fi... ・港川1号の複製：Fred Cherrygarden（CC BY-SA 4.0） https://commons.wikimedia.org/wiki/Fi... ・地図：国土地理院 地理院タイル（標準地図）に追記して掲載／Natural Earth（パブリックドメイン）をもとに作成 ・冒頭とサムネの縄文人の顔は画像生成で作ったイメージです（実在の人物・復顔ではありません） ・ライセンス本文：CC BY 4.0 https://creativecommons.org/licenses/... ／ CC BY-SA 4.0 https://creativecommons.org/licenses/...