Моделирование последовательностей: Введение

В начале этой серии видеороликов по моделированию последовательностей мы приводим несколько причин, почему нам нужно моделировать последовательности и почему вероятностные модели — хороший выбор. Мы также представляем несколько идей из области, называемой «эпигенетика», поскольку они мотивируют первоначальное применение, которое мы рассмотрим: поиск CpG-островов. ── Ссылки на курс и канал ── Плейлист курса: Моделирование последовательностей    • Sequence modeling   ── Об авторе ── Бен Лэнгмид — профессор компьютерных наук в Университете Джона Хопкинса, где его исследования охватывают биоинформатику, вычислительную биологию и науку, основанную на больших данных. Он является автором книг Bowtie и Bowtie 2; Его группа также разработала программное обеспечение, такое как Kraken 2, и ресурсы, такие как recount3 и Index Zone, а также методы индексирования и запросов пангенома, основанные, например, на r-индексе и структуре перемещения. Методы его группы цитировались более 130 000 раз, и он является лауреатом таких наград, как премия NSF CAREER, стипендия Слоуна для научных исследований, премия Бенджамина Франклина за вклад в открытый доступ, а также многочисленных наград за преподавание и наставничество. Бен является основателем и руководителем InOrder Labs LLC (https://inorderlabs.com), экспертной консалтинговой фирмы в области биоинформатики и вычислительной биологии. Канал:    / @benlangmead   Учебные материалы: https://langmead-lab.org/teaching.html