Programación dinámica II: alineamiento de secuencias, ARN y Bellman-Ford
Pizarrón Binario
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Programación dinámica II: alineamiento de secuencias, ARN y Bellman-Ford
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Segunda parte de programación dinámica (capítulo 6 del Kleinberg-Tardos): tres problemas donde un solo índice no alcanza. Alineamiento de secuencias (Needleman-Wunsch): costo por hueco y desajuste, los tres casos, la recurrencia sobre prefijos de dos cadenas, el ejemplo gato/gasto con tabla y reconstrucción, la alineación como camino mínimo en una grilla y la versión en espacio lineal. Estructura secundaria del ARN: las reglas, por qué fallan los prefijos, programación dinámica sobre intervalos, orden por largo creciente y costo O(n³). Caminos mínimos con costos negativos: por qué falla Dijkstra, ciclos negativos, el algoritmo de Bellman-Ford con su recurrencia OPT(i, v), traza, costo O(n·m), espacio O(n) y detección de ciclos negativos.
Capítulos
0:00 Introducción
0:24 Mapa del video
0:41 La receta de la programación dinámica
1:01 Alinear dos palabras
1:19 Costo de una alineación
1:43 Lo último que pudo pasar: tres casos
2:06 La recurrencia del alineamiento
2:28 Casos base y tabla
2:48 Ejemplo: gato y gasto
3:13 Reconstruir la alineación
3:30 Alinear = camino mínimo en una grilla
3:48 ¿Y la memoria? Espacio lineal
4:08 Resumen parcial
4:20 El ARN se pliega
4:39 Reglas de la estructura secundaria
4:59 Por qué no alcanzan los prefijos
5:23 Subproblemas sobre intervalos
5:41 La recurrencia del ARN
5:59 Orden de llenado y costo O(n³)
6:16 Ejemplo: ACCGGUAGU
6:36 Resumen parcial
6:49 Costos negativos: por qué falla Dijkstra
7:10 Ciclos negativos
7:28 El subproblema de Bellman-Ford
7:45 La recurrencia de Bellman-Ford
8:05 La traza
8:21 Costo O(n·m) y memoria
8:41 Detectar ciclos negativos
8:58 Los tres, lado a lado
9:20 Errores comunes
9:41 Resumen
Video explicativo hecho con animaciones generadas por código y narración con voz sintética (IA). Si encontrás un error, dejalo en los comentarios.
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