06a — Cell Painting и морфологическое профилирование

В этом видео рассматривается анализ изображений в методе Cell Painting — высокопроизводительном анализе изображений, используемом в разработке лекарств для определения влияния соединений на морфологию клеток по пяти флуоресцентным каналам. Вместо прямого измерения связывания, Cell Painting задаёт вопрос о том, какое воздействие соединение оказывает на живую клетку. Рассматриваемые темы: пять каналов Cell Painting и что каждый из них окрашивает (ДНК, эндоплазматический ретикулум, митохондрии, актин/аппарат Гольджи/плазматическая мембрана, РНК/ядрышки), загрузка пилотных данных JUMP-CP из Института Броуда, сегментация ядер и цитоплазмы с помощью Cellpose, извлечение шести семейств морфологических признаков (AreaShape, Intensity, Texture, Granularity, RadialDistribution, Neighbors) и построение полной матрицы признаков для каждого соединения в каждой лунке. Ссылка на код: https://github.com/bnsreenu/AI-for-Dr...